Dokopałam się do podobnego tematu z 2018 r. i problem został rozwiązany. Kup po ustaniu zatrudnienia przysługują w mniejszej kwocie (czyli w moim przypadku, ponieważ zatrudnienie ustało 30.06, a wypłata była 10.07), a ulgę podatkową można zmienić w "Z listy modułów wybrać Administracja – Parametry, a z listy – Parametry Gratyfikanta -> W oknie, które się wyświetli sprawdzić ustawienie Nie uwzględniaj ulgi podatkowej w wypłatach po zwolnieniu pracownika. Zmiany zapisać przyciskiem OK."
Może komuś się przyda