Problem można obejść, ja bym to rozwiązał następująco (w mikroGratyfikancie GT najpewniej w Gratyfikacie GT jest analogicznie):
Dla małżonka trzeba odpowiednio ustawiać wzorzec składnika płacowego (dostępny w słownikach programu mikroGratyfikant GT) tak aby nie naliczały się składki ZUS, a jedynie sama zaliczka na podatek.
Natomiast składki ZUS osoby współpracującej można doliczyć do składek przedsiębiorcy.
Trochę poniewczasie trafiłem na to forum bo bym odpowiedział wcześniej.