My to robimy tak, że wykorzystujemy opcję "Docelowa wartość dokumentu" w oknie "Przeliczanie rabatu", i nie dodajemy do FV osobnej pozycji z transportem.
Jeżeli ten koszt jest ponoszony "pobocznie" i nie płacimy dostawcy produktów tylko spedytorowi, to robimy to identycznie, tylko potem na FV odznaczamy opcję "Automatycznie przeliczaj podatek VAT" w zakładce "VAT" i wpisujemy ręcznie kwotę brutto faktury od dostawcy.
W ten sposób mamy od razu wyliczone proporcjonalnie ceny zakupu dla dowolnej ilości produktów niezależnie od tego, komu płacimy za transport. Wpływa to na wartość magazynową, ale i tak przecież jest to koszt de facto nabycia produktu. No i od razu możemy kalkulować ceny sprzedaży na podstawie np. ostatniej ceny nabycia.